TMS'nin inme (felç) rehabilitasyonuna yardımcı olabileceğine dair kanıtlar mevcuttur. Beyne giden kan akışı engellendiğinde veya azaldığında inme meydana gelir ve beyin hücrelerinin ölmesine neden olur. Bu, uzun süreli kas hareketi kaybına neden olabilir. Yapılan bir araştırmaya göre, felçten sonra TMS kullanmak motor iyileşmeyi desteklemektedir. Buradaki düşünce, manyetik uyarıların, beynin istemli hareketi kontrol eden kısmı olan motor korteksin aktivitesini değiştirebilmesidir.

    2017 tarihli bir makale, TMS'nin motor korteksi uyararak felç geçiren kişilerin yüzde 50’sini etkileyen disfajiyi (yutma güçlüğü) iyileştirebileceğini de göstermektedir.